За плечами Яны Рудковской, говорят, три брака, два из которых официальные. Вначале она строила отношения с бизнесменом Евгением Мухиным, с которым переехала из Барнаула в Сочи. В 2001 году Яна вышла замуж за миллионера Виктора Батурина. От него она родила сына Николая. Спустя семь лет супруги оформили развод, который оказался весьма скандальным. В 2009 году Рудковская оформила отношения с олимпийским чемпионом по фигурному катанию Евгением Плющенко. В 2013 году Яна родила ему сына Александра, более известного публике как Гном Гномыч. А в 2020 году на свет появился второй сын пары Арсений. Его родила суррогатная мать.
Рудковская много сил отдает воспитанию сыновей. Но успевает еще и заниматься карьерой супруга и своего подопечного, популярного исполнителя Димы Билана. Зорко следит Яна и за событиями, происходящими в отечественном и зарубежном шоу-бизнесе. Например, продюсер не смогла промолчать относительно новости о разводе голливудского актера Хью Джекмана, которая стала сенсацией.
"Хью Джекман и его жена Деборра-Ли Фернесс объявили о расходе после 27-летнего брака. Думаю, что решение далось непросто, потому что спустя какое-то время в счастливом браке наступает момент, когда вы не просто муж и жена, а именно друзья, родные люди, которые знают друг друга от и до. Тяжело терять такую поддержку", - высказала мнение Рудковская.
Далее она привела текст самого официального заявления актеров: «Нам посчастливилось провести почти три десятилетия вместе как муж и жена в прекрасном браке, но теперь наша жизнь изменилась и мы расстаемся , чтобы продолжить свой индивидуальный рост».